Piano, con calma.

Moltissime fonti, tra cui il sorgente di moltissime classi di java.util impostano a null i riferimenti in modo che, come dici tu, non ci sono più riferimenti a determinati oggetti.

Il problema è che

Stack pippo;

è un riferimento all'oggetto di tipo "Stack" e non all'array che lo contiene. Distruggendo l'oggetto a cui pippo faceva riferimento, distruggo anche l'array creato dall'oggetto?