up se qualcuno sa come risolverlo in maniera più corretta di come ho fatto io.

allora nelle avanzate di vlc si trova la possibilità di registrare, quindi ho fatto partire il file in questione, gli ho detto di riparare gli indici e ho fatto partire la registrazione.
ora mi ritrovo con il file a posto, non so se questa sia l'unica soluzione fattibile.