prova quanto proposto in script / discussioni utili:
eseguire istruzioni javascript presenti in contenuto caricato via ajax

se usi gia' una libreria per caricare i contenuti potrebbero esservi metodi piu' diretti

occhio che il javascript che carichi dinamicamente viene sempre eseguito a livello del documento chiamante, come se vi fosse sempre stato: se si generano conflitti li devi prevedere ed evitare