frame ed iframe hanno lo scopo di aprire finestre su "altri mondi".
quindi l'uso deve essere circonstanziato e motivato da una reale neccesità d'uso,
semanticamente corretta.

da qual che mi dici pare essere solo un escamotage per le navigazione all'interno del sito.
è così?
se si, è proprio un modo sbagliato di progettare.
quindi meglio caricare una nuova pagina e utilizzare le inclusioni per le parti comuni

ho capito bene il contesto?