Guarda, window.print serve solo a stampare quello che è in visione nella pagina, non a stampare un documento non in HTML. Per stampare qualcosa che NON è HTML devi aprire il file corrispondente con un programma che possa leggerlo ed utilizzare le funzioni del programma per stampare il documento.

Anche nel caso in cui apri un file all'interno del browser, come per esempio un PDF, non lo stai leggendo con browser stesso, ma con il programma di lettura apposito, nell'esempio Acrobat Reader, che fa da Wrapper all'interno di una finestra del browser. Proprio per questo JS non funziona in questi casi, perché non c'è neanche una riga di HTML da interpretare.