Sì. I PC non sono fuori LAN, sono su due LAN diverse, connesse tra loro via Internet (?).
Se il software non è espressamente concepito per poter lavorare in rete, è MOLTO pericoloso per la sicurezza dell'integrità dei file. Un modo potrebbe essere di copiare localmente i file e poi ritrasferirli, a meno che i medesimi non siano usati in condivisione.
Per risolvere il problema della condivisione remota ci sono alcuni metodi, i quali mettono a repentaglio la sicurezza dei dati. La soluzione migliore è costruire una VLAN tra te e l'ufficio, ma serve la collaborazione dell'amministratore della rete. Ti ricordo inoltre che la rimozione od esportazione di file sensibili dal luogo di lavoro può essere reato.