le popup non le vede di buon occhio nessuno!!
tant'è che è assai meglio utilizzare modal boxes e non finestre (firefox ha i popup disabilitati di default se non ricordo male, tanto per dire).
Se l'html è validato, la pagina è costruita correttamente, sono presenti i metatag, google non dovrebbe arrabbiarsi per dello script .. tieni presente oltretutto che a casa Google fanno un uso massiccissimo di js, prova solo a vedere il markup della home di google, che certamente non è molto complicata dal punto di vista della struttura!