Il problema, prima di tutto, è capire cosa vuoi fare tu e a cosa ti serve.

E' ovvio che se le lunghezze delle stringhe sono diverse, queste hanno caratteri sicuramente in sequenza diversa.

Non ho capito la questione dei cicli ma dipende tutto da cosa vuoi fare esattamente. E mi sembra una cosa così "specifica" che non è possibile che sia prevista da .NET ...