io ho risolto usando INNO SETUP... controllo se c'è la chiave di registro del .net framework, se manca scarico e installo...

Non so che stai usando per distribuire la tua applicazione comunque la chiave di registro per verificare la presenza del .NET framework 3.5 è 'HKLM\SOFTWARE\Microsoft\NET Framework Setup\NDP\v3.5'
il link da cui scaricare l'installazione invece è 'http://download.microsoft.com/download/7/0/3/703455ee-a747-4cc8-bd3e-98a615c3aedb/dotNetFx35setup.exe'