Non conoscerei un modo per impostare una variabile/costante tramite la configurazione di Apache.

Quello invece che tu possa fare, sarebbe dichiararla in un file php normale come /path/to/file.php
Codice PHP:
<?php define('MY_CONSTANT''MY_VALUE'); ?>
e poi premetterlo dove voresti tramite php_value nel tuo .htaccess
codice:
php_value auto_prepend_file /path/to/file.php