A quanto ho capito, php non c'entra nulla. Sembra che il problema fosse dovuto ai fogli di stile della libreria Javascript Dojo Toolkit. Non solo i css di Dojo vanno messi prima di quelli propri, ma invece di usare l'inclusione tramite il tag <link rel> bisogna utilizare l'istruzione @import all'interno del tag <style>
Codice PHP:
<style type="text/css">
@import "js/dojo1.3.2/dojo/resources/dojo.css";
@import "js/dojo1.3.2/dijit/themes/tundra/tundra.css";
@import "css/miostile.css";
</style> 
Così le pagine vengono caricate senza errori (almeno, per ora).