Dovresti segnarti nel database la data dell'ultimo aggiornamento ed il numero di file aggiornati, poi, in modo casuale, utilizzando una probabilità di uscita elevata, all'accesso all'homepage, ti cicli i file presenti nella directory e verifichi quali hanno la data di modifica successiva a quella che hai salvato nel database salvandoti alla fine il nuovo conteggio conteggio e la nuova data di aggiornamento. Quando ovviamente non scatta la procedura visualizzi direttamente i dati presenti nel database

Inoltre sarebbe utile farlo ad hoc per utente, altrimenti non si capirebbe se io che accedo ho già visto quei file nuovi o meno ... in un cookie nel database (se non lo hai già) salvi l'ultima visita e quindi devi stampare l'elenco dei nuovi file semplicemente prendi quella data, fai una query per estrarre tutti i conteggi successivi a quella data sommandoli e gli dici "sono presenti XYZ nuovi file"