Devi riuscire a collegarti direttamente al server; se non è possibile con il Management Studio, puoi lanciare un comando che esegua la compattazione (il comando è "dbcc shrinkfile" http://technet.microsoft.com/it-it/library/ms189493(SQL.90).aspx oppure "dbcc shrinkdatabase" http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa258287(SQL.80).aspx)

E' un server tuo ? è in hosting ? boh, puoi farti una paginetta web da cui lanci il comando; fai attenzione però che è necessario che l'utente che esegue il comando abbia le permission di sysadmin