A parte che suddividere i file come si fa di solito nel MVC e poi NON usare la OOP la vedo dura...

cmq sia. Il controller ha senso se usi dei template grafici (cioè la V e la C di MVC...). Il controller tira su il template, comunica con il MODEL per recuperare i dati, eventualmente elaborarli e metterli dentro il template da stampare a video.
Se invece non usi template grafici fai collassare la V con la C e quindi i tuoi controller saranno contemporaneamente controller e viewer.

Per quanto riguarda le immagini io le tengon in cartelle separate /img, /js, /css.
La struttura di un'applicazione potrebbe quindi essere questa

- controller
- model
- view
- altre_librerie
- css
- js
- img

Per i path io di solito inizializzo sempre in un file setup o qualcosa del genere i path che mi servono, quindi per esempio indico che la cartella immagini è uguale a "../img"

Poi se devo fare un'altra applicazione, il suo file setup specificherà che la cartella immagini è uguale invece a "../../../img" e tutto sta in piedi

Per esempio la struttura di un sito web con un'applicazione per la gestione dei contenuti (CMS) e il frontend del sito stesso potrebbe essere fatta così

CMS (BACKEND)
- file di setup
- controller
- view
- css
- js
- img
FRONTEND
- file di setup
- controller
- view
- css
- js
- img
- ALTRE_LIBRERIE
- MODEL

Ovviamente le librerie e il model restano a livello base perchè sono accedute in egual modo sia dal backend che dal frontend