ma il funzionamente e' una cosa cosi'?

<div id="container">
<span id="1"><input type="button" value="1"></span>
<span id="2"><input type="button" value="2"></span>
<span id="5" ><input type="button" value="5"></span>
<span id="3"><input type="button" value="3"></span>
<span id="4"><input type="button" value="4"></span>
</div>

$('#container span').click(function () {

var box5 = $('#5').html();
var boxSel = $(this).html();

$('#5').html(boxSel);
$(this).html(box5);

});

ps io ho usato altri tag per non metterci css

con "come faccio a sapere che ora il box1 contiene il content5?" cosa intendi... a cosa ti serve sapere cos'hai spostato?