In tutti i sistemi operativi esistono delle pseudo-directory, presenti in ogni cartella del disco ("." e ".." , appunto) che rappresentano la cartella corrente e quella padre nella struttura del disco.
Probabilmente nel tuo script non è necessario che queste cartelle vengano visualizzate.

Quindi, partendo da questo percorso: "/usr/www/htdocs/test/index.php"

"../" è uguale a "/usr/www/htdocs/"
"./" è uguale a "/usr/www/htdocs/test/"
"../test2/index.php" è uguale a "/usr/www/htdocs/test2/index.php"

ma volendo puoi anche scrivere una cosa del tipo:
"../../../bin/../www/dir2/prova/../test.php" (anche se non è molto conveniente)
che è uguale a "/usr/www/htdocs/dir2/test.php".
In pratica torna indietro di 3 cartelle(a /usr/), entra in bin, esce, entra in www/dir2/prova/, esce da prova e carica test.php