Uhm... Non è molto semplice: si tratta di una sorta di parser del file.
Potresti fare una cosa del genere:
Codice PHP:
if ($handle = opendir('Catalogo')) {
while (false !== ($file1 = readdir($handle))) {

if ($file1 != "." && $file1 != "..") {
$file = file ("Catalogo/".$file1);


$species = array();

$family="";
$genus="";

foreach($file as $row) //scorro l'array
{
$dati=explode(": ");//divido in ogni riga l'identificatore(es genus) dal valore
$indent=$dati[0];//identificatore
$value=$dati[1];//valore
if($ident=="family")//se il valore è identificato da family
$family=$value;//la famiglia presa in considerazione diventa quella identificata
if($ident=="genus")//se il valore è identificato da genus
$genus=$value;//il genere preso in considerazione diventa quello identificato
if($ident=="species")//se il valore è identificato da species
$species[$family][$genus][]=$value;//inserisco il valore in un array multidimensionale, identificandolo con family e genus
}
sort($species);
foreach($species as $family) //scorro l'array
{
foreach($species[$family] as $genus) //scorro l'array
{
foreach($species[$family][$genus] as $specie) //scorro l'array
{
$inserisci = mysql_query("INSERT INTO ragni (Specie,Genus,Family,img) VALUES ('$specie','$genus','$family','no')");
if($inserisci)
echo "la specie $specie, di genere $genus, appartenente alla famiglia $family, è stata inserita correttamente nel database";
}
}
}
}
}
} 
Non ho provato lo script, ma dovrebbe andare, in pratica, oltre ad inserire il nome della specie nel database, inserisce anche la famiglia e il genere nei relativi campi.