Vedi se queste query eseguono il conteggio che ti aspetti.

codice:
set @c := 0, @num := 0;
select gruppo,sum(a) as tot_a,sum(b) as tot_b,sum(c) as to_c from (
select *,
   @num := if(@c mod 3 = 0, @num+ 1, @num) as gruppo,
   @c := @c +1 as cont
from tabella
order by id asc) as tab 
group by gruppo