Mi rispondo da me, apparentemente ce l'ho fatta a formattare la riga in modo giusto, praticamente ho decodificata la stringa da utf-8 a... non lo so
Codice PHP:
$titolo = utf8_decode(strip_tags($nota[0])); 
senza usare l'rtrim per togliere i fine riga.
Il
alla fine veniva inserito da loadXML() e ora la stringa è formattata giusta, ma! Il file non viene formato lo stesso, forse il problema è altrove ora.