sembrerebbe che usi nei file inclusi dei riferimenti che non tengono conto del percorso di inclusione... se per esempo ho un file "incluso.php" così:

<?php print '[img]img/esempio.jpg[/img]'; ?>

che viene incluso da "root.php" magari visualizzi correttamente l'immagine (supponendo che nella root hai "root.php" e la cartella "img" con le immagini"), se però lo includi da un file tipo "include/prova.php" (che si trova nella cartella "include", a sua volta nella root), nell'HTML generato il riferimento a "img/esempio.jpg" non andrebbe più bene: se è questo il tuo caso quando usi riferimenti dentro un file che sarà incluso dovresti generare il corretto percorso OPPURE (questo il mio suggerimento) definire opportunamente nell'HTML la base con il tag "BASE HREF" facendo in modo che punti alla "root" del sito