nel file di configurazione di php (php.ini) c'è questa voce:

short_open_tag = Off

la sintassi dei tag di apertura del php è <?php ma se la voce è impostata su On allora puoi anche scrivere la "scorciatoia" <? (come nel caso tuo).
Se hai troppi tag aperti in questo modo allora cambia la configurazione del php.ini; fai attenzione però che quando passi dal server locale a quello effettivo poi anche questo deve avere la stessa impostazione, sennò ritrovi lo stesso problema.
Nel tuo post hai scritto "ho però notato che index.php richiama home.php (la quale a sua volta richiama top.php, left.php, ecc...)" non è che lo hai notato tu: è stato scritto così!

<?
echo "
<script language=\"JavaScript\">
<!--
document.location.href =\"home.php\"
//-->
</script>
";
?>


non fa altro che scrivere uno script in javascript che fa un redirect della pagina verso home.php....