Allora, intanto scusa, ho scritto sbagliato, va inserito in [mysqld]
Se non trovi la variabile nel my.ini vuol dire semplicemente che non e' stata aggiunta ed il server usa il valore di default.
Cmq, assicurati di modificare il my.ini giusto
Poi assicurati di inserirlo esattamente cosi:
max_allowed_packet=16M
oppure se la versione del tuo mysql e' minore di 4, cosi:
set-variable = max_allowed_packet=16M
e poi riavvia mysql

Dovrebbe andare