Con la struttura delle cartelle intendi l'albero dell'applicazione?
In questo caso ti consiglio di creare un progetto ex-novo con zend tool, ci vanno 10 minuti, ho scritto un tutorial sul mio blog.
Per quanto riguarda le grid io immagino che la documentazione nel sito che ho segnalato dovrebbe essere sufficiente, o almeno, lo spero per te, purtroppo non avendo mai lavorato con questo componente ( non sapevo nemmeno esistesse.. ) non posso aiutarti.
Mi pare esistano anche alcuni open source che usano zend framework, uno se non sbaglio è digitalus cms, potresti provare a scaricarlo e vedere com'è fatto.
Ciao