Ciao,
Zend Tool è un componente di zend framework, non è un'applicazione esterna, bensì una classe presente all'interno del framework. Zend Tool riesce a generare dal nulla un progetto di base funzionante, e questo progetto contiene l'albero dell'applicazione, che è quello consigliato.

Ho scritto una piccola guida tempo fa, potrebbe esserti di aiuto leggerla.

L'esempio del modello te l'avevo già fatto con il Model_Country, il codice potrebbe essere qualcosa di simile

Codice PHP:
<?php 

  class Model_Countries extends Zend_Db_Table_Abstract
  {
    protected $_rowClass = 'Model_Country';
    
    // grazie a questo metodo possiamo tenere i nomi delle tabelle nel config
    // in alternativa devi specificare il nome tabella così
    // protected $_name = 'countries';
    protected function _setupTableName(){ 
      $config = Zend_Registry::get('config');
      $this->_name = $config->table->countries;
      parent::_setupTableName();
    }
   
    // solo un esempio di metodo che restituisce i nomi dei paesi
    public function getPaises(){ 
      $select = $select = $this->getAdapter()->select();
      $select->from(array( "a" => $this->_name),
        array(
          'DISTINCT(a.Name)'
        )
      )
      ->order('a.Name ASC');
      return $this->getAdapter->fetchAll($select);
    }
  }
Inoltre come puoi vedere in cima, ho specificato la row level class $_rowClass,
creala anche vuota.

Codice PHP:
<?php

  class Model_Country extends Zend_Db_Table_Row_Abstract 
  { 
  
  }

Create le classi di qui sopra all'interno della directory Model, nei vari controller potrai istanziarle, riprendendo l'esempio che avevo già fatto ( riveduto e corretto in relazione al nome delle classi create )

Codice PHP:
$modelCountries = new Model_Countries(); // Istanza della classe base, non row level
$paises = $modelCountries->getPaises(); // Istanze di Zend_Db_Table_Row 
Ti avverto solo di una cosa, da qualche mese è stato introdotto anche un sistema di mapping dei campi delle varie tabelle ( o qualcosa del genere ), è una cosa che non ho visto perchè non ne ho avuto la necessità, so solo che per ogni modello viene addirittura creata una directory contenente alcuni files. Lascio a te eventuali ricerche per documentarti di più


Inoltre, per eventuali dubbi e curiosità su come costruire le select programmaticamente ( anche in join ) ti consiglio di vedere la documentazione ufficiale.
Spero di esserti stato di aiuto.

Ciao!