Cominciamo col dire che file e cartelle possono danneggiarsi, sennò non esisterebbero i programmi di recupero.
Il danneggiamento può dipendere dalla procedura di salvataggio (imputabile a varie cause, per esempio che mentre stavi salvando la CPU era occupata e il file era piuttosto grosso) oppure dall'area di memoria che ospita il file modificato.
Se lo scandisk ti ha rimosso la cartella, molto probabilmente la causa del danneggiamento è la seconda.

Per tentare di recuperare i file, posso suggerirti di tentare con Iso-Buster oppure Glary Utilities, ma esistono vari programmi, ti basta cercare su Google "Data recovery", ce ne sono discreti anche gratuiti.