prova ad inserire un div vuoto dopo il tuo div "destra".
A questo nuovo div vuoto attribuscigli una classe che chiamiamo "clearit" quindi

Codice PHP:
<div id="container">
<div id="header"></div>
<div id="navigation"></div>
<div id="flash"></div>
<div id="content">
<div id="sinistra">
<h2>Layout monolitico</h2>


Questa è la forma più elementare di layout, e può andare bene per siti di piccole dimensioni
(generalmente con un ordine di pagine sotto la decina), per siti con menù dropdown o per siti con
macrosezioni (sottositi). Come anticipato, per la sua semplicità non necessita di posizionamenti o
<h2>Layout monolitico</h2>


Questa è la forma più elementare di layout, e può andare bene per siti di piccole dimensioni
(generalmente con un ordine di pagine sotto la decina), per siti con menù dropdown o per siti con
macrosezioni (sottositi). Come anticipato, per la sua semplicità non necessita di posizionamenti o
<h2>Layout monolitico</h2>


Questa è la forma più elementare di layout, e può andare bene per siti di piccole dimensioni
(generalmente con un ordine di pagine sotto la decina), per siti con menù dropdown o per siti con
macrosezioni (sottositi). Come anticipato, per la sua semplicità non necessita di posizionamenti o
<h2>Layout monolitico</h2>


Questa è la forma più elementare di layout, e può andare bene per siti di piccole dimensioni
(generalmente con un ordine di pagine sotto la decina), per siti con menù dropdown o per siti con
macrosezioni (sottositi). Come anticipato, per la sua semplicità non necessita di posizionamenti o
<h2>Layout monolitico</h2>


Questa è la forma più elementare di layout, e può andare bene per siti di piccole dimensioni
(generalmente con un ordine di pagine sotto la decina), per siti con menù dropdown o per siti con
macrosezioni (sottositi). Come anticipato, per la sua semplicità non necessita di posizionamenti o
<h2>Layout monolitico</h2>


Questa è la forma più elementare di layout, e può andare bene per siti di piccole dimensioni
(generalmente con un ordine di pagine sotto la decina), per siti con menù dropdown o per siti con
macrosezioni (sottositi). Come anticipato, per la sua semplicità non necessita di posizionamenti o
float nella versione elementare. Il laoyout monolitico si compone di quattro sezioni fondamentali:</p>
</div>
<div id="destra"></div>
<div class="clearit"></div>

</div>
<div id="footer">
[url="privacy.php"]Privacy[/url]


Copyright © 2009</p></div>
</div> 
questo il CSS per il nostro div vuoto.

Codice PHP:
.clearit{
visibility: hidden;
clear: both;
} 
così dovrebbe andare...fammi sapere