beh, perché ti conviene vuotare la seconda select prima di popolarla.

Cambia la riga della for in:

codice:
var secondaSel = document.form1.seconda;

while(secondaSel.options.length){
	var opt = secondaSel.options[0];
	secondaSel.removeChild(opt);
	delete opt;
}

for(i=0;i<array_rif.length;i++)secondaSel.options[i]=array_rif[i];