beh, perché ti conviene vuotare la seconda select prima di popolarla.
Cambia la riga della for in:
codice:var secondaSel = document.form1.seconda; while(secondaSel.options.length){ var opt = secondaSel.options[0]; secondaSel.removeChild(opt); delete opt; } for(i=0;i<array_rif.length;i++)secondaSel.options[i]=array_rif[i];