Non ho mai riscontrato problemi con le librerie in system32 su WinXP (x86); Win7, fin che posso, lo evito come la peste.

Per evitare qualunque tipo di problema, ad ogni modo, io generalmente le DLL le inserisco nella stessa directory del programma (del JAR).

Tieni presente che la ricerca delle librerie avviene su tutte le directory specificate nella System Property "java.library.path", che può essere settata all'avvio dell'applicazione con l'opzione -D:

codice:
java -Djava.library.path=percorso/alle/dll ApplicazioneJava

Ciao.