ma dato che il sito è essenziale direi che basta un unica pagina php con delle condizioni sul codice html da produrre.
in caso diventi pesante e difficile da lavorare sposti dei pezzi in dei file php esterni (i moduli, se così li vuoi chiamare) da allegare con delle include() e sei a posto no?
per il template, se costruisci un sito senza tabelle e solo div, senza applicare definizioni di stile direttamente sugli oggetti, con un normalissimo file css sarai in grado di stravolgere completamente l'aspetto della tua pagina.

riassumendo:
kernel --> index.php
modules --> /include/home.php
--> /include/dove.php
--> /include/contatti.php
--> /include/archivio.php
template --> tema1.css
--> tema2.css