Le funzioni lavorano nel abbiente in qui sono state sviluppate, pertanto funzione php funzionerà sul server funzione javascript funzionerà sul client, le funzioni miste che funzionino in entrambi gli ambienti non esistono, al massimo potrai scrivere una pagina link.php e includerla nelle pagine, in previsione che i link possano aumentare cosi aggiornando la sola pagina link.php automaticamente aggiornerai tutte le pagine del sito.
Cosi dovresti risolvere anche il secondo problemino.