Beh, anche se non riuscirei a indovinare nessuna ragione perche' cio` possa essere necessario, e' facile.
Ad esempio nel caso del mysql, vai nel sorgente, apri ext/mysql/php_mysql.c, trova la funzione php_mysql_do_query, sposta i controlli dal case 1 dello switch nel case 2, togli il case 1, ricompila, e poi se ti passeranno 1 parametro anziche 2, lo script restituira wrong param count.

Ma considera che:
Dovrai farlo per ogni driver/estensione disponibile sul tuo sistema: mysql, mysqli, mysqlnd per renderlo obbligatorio.
Dovrai ricordarti ad ogni nuova versione di modificare il sorgente.
E potresti dover incotrare altri problemi imprevisti.