No, nell'ini puoi solo disabilitare completamente la funzione, tutto qui.

Potresti provare il runkit. Se lo installi, lui ha un parametro di configurazione che permette di agire sulle funzioni interne del php.
Se tutto funziona come dovrebbe, potresti semplicemente rimuovere/modificare la mysql_query() direttamente durante il runtime dello script, prima di chiamare il modulo/plugin esterno.