Ah-ehm.. ho provato ad aprire il file che mi hai indicato, e la funzione che dici tu:
Codice PHP:
/* {{{ php_mysql_do_query
 */
static void php_mysql_do_query(INTERNAL_FUNCTION_PARAMETERSint use_store)
{
    
char *query;
    
int query_len;
    
zval *mysql_link NULL;
    
int id = -1;
    
    if (
zend_parse_parameters(ZEND_NUM_ARGS() TSRMLS_CC"s|r", &query, &query_len, &mysql_link) == FAILURE) {
        return;
    }

    if (!
mysql_link) {
        
id php_mysql_get_default_link(INTERNAL_FUNCTION_PARAM_PASSTHRU);
        
CHECK_LINK(id);
    }

    
php_mysql_do_query_general(queryquery_lenmysql_linkidNULLuse_storereturn_value TSRMLS_CC);

...ma non capisco proprio come modificarla

L'unico pezzo che mi sembra possa fare al caso mio è:
Codice PHP:
    if (!mysql_link) {
        
id php_mysql_get_default_link(INTERNAL_FUNCTION_PARAM_PASSTHRU);
        
CHECK_LINK(id);
    }
//che, se ho capito quel che fà, dovrebbe essere
    
if (!mysql_link) {
        return;
    }
//così se il mysql_link non è settato, invece di cercare l'ultima connessione aperta, esce dalla funzione. 
Giusto?