direi che dovresti iniziare a togliere l'ob_start, poi controllare ce ci sono spazi o altro prima dei setcookie/headers ed infine utilizzare

www.php.net/isset

per verificare se le chiavi degli array superglobali a cui si riferiscono gli errori ci sono è possono essere usate

Notice: Undefined index: id in y:\home\login\www\index.php on line 22

Notice: Undefined index: submit in y:\home\login\www\index.php on line 43

Notice: Undefined index: submit in y:\home\login\www\index.php on line 86

Notice: Undefined index: msg in y:\home\login\www\index.php on line 153
gli errori non stanno dicendo altro che "la chiave (id|submit|msg) non è presente nell'array in cui la cerchi"

quindi fai tipo

if (isset($_SESSION['id']) .....

(cosa che già fai con i cookie)

poi

if (isset($_POST['submit']) ......

e via dicendo