Dovresti solo verificare se la licenza del template grafico acquistato (dovresti averla scaricata insieme al template, oppure è nel sito, oppure contatta gli amministratori del sito) permette la personalizzazione e modifica.
Per il resto, i programmi utilizzati per le modifiche non possono essere riconosciuti semplicemente "guardando" un sito, pertanto non vedo problemi. Poi nel tuo caso, avendo usato programmi liberi, problemi non ce ne sarebbero comunque.