Scaricare non vuole dire sposta ma copia.
Se entravi con un programma ftp ti copiavi il sito sul tuo (o sul suo pc) e lo modificavi da lì, intanto la parte online continuava a funzionare.
Se il sito è del tuo amico e ti chiede di metterci le mani su, deve farti entrare dentro se no come fai.
Quello che tenti di fare tu è un lavoro faraonico solo per ricreare le cartelle e metterci dentro i files.