Credo sia più semplice ti fornisce le credenziali per l'accesso al sito come amministratore (es ftp).
Così ti copi tutto il contenuto sul tuo hard disk, fai pulizia, cancelli tutto il sito, e ci butti le cartelle ben pulite.

Si una volta c'era la parent directoty, ma ora i siti di hosting proteggono giustamente questa impostazione, mentre altri lo lasciano volutamente accessibile per permettere agli utenti di scaricare i file che si trovano all'interno della cartella.