con database più enormi e macchine molto più piccole non ho decisamente di questi problemi

mi sa che dovresti normalizzare il database (sistemare gli indici, riorganizzare le tabelle, verificare le query che impiegano troppo tempo, ovvero le "slow queries", e via dicendo)

Nello specifico, mysql supporta un set di parametri per abilitare il logging delle slow queries e ti consiglierei di partire da quelle

TUTTO dipende da come è scritto il codice php e dalle query che lanci