Premesso che non puoi scrivere oltre i limiti imposti alla matrice, devi adottare il metodo che ti ha indicato Yuvevon ( leggere con getline(), spezzare con strtok(), convertire con atoi() ).

Un modo più " C++ " per fare quanto indicato ( che adotterei io, ma che richiede che tra numero e numero ci siano solo spazi) può essere questo (richiede <string> e <sstream>):

codice:
     else{
         std::string line;
         while( getline(file,line) ) {
	     c=0;
	     std::istringstream iss(line);
	     while ( iss >> m[r][c] ) c++;
	     r++;
	  }
     }
Il procedimento di tokenizzazione e conversione è a carico dello istringstream.