Ho appena affrontato un problema simile. Nel code behind della tua pagina content scrivi:
codice:
    Dim oOuter_CPH As ContentPlaceHolder
    oOuter_CPH = TryCast(Me.Master.FindControl("ID_CONTENTPLACEHOLDER"), ContentPlaceHolder)
    TryCast(oOuter_CPH.FindControl("ID_CONTROLLO"), TIPO DEL CONTROLLO).Visible = False
Fammi sapere se hai problemi.ciao