La cartella .aMule la crea amule sulla home dell utente che esegue il server.
Quindi parte il server parte la creazione della cartella se non c'è gia.
Guardi gli scritps di disinstallazione del pacchetto in /var/lib/dpkg/info/ li editi o li elimini e poi disinstalli con dpkg, e' un metodo brutale ma funziona.

prima pero fai killall amuled