da quello che ho capito a te serve che la pagina php controlli se la casella (x,y) contiene una nave e la segni in verde se soddisfa questa condizione...
allora ti consiglio di creare una tabella nel database con 11 campi orizzontali con il primo campo identificativo e gli altri numerati per esempio tipo x1,x2,x3 ecc... e 10 verticali...cosi puoi recuperare facilmente le info che ti servono...