Inserisci nel tag iframe allowtransparency="yes", imposta nel css delle pagine che richiami al suo interno un body {background-color:transparent} ed hai fatto.

Per avere un iframe trasparente e allo stesso tempo validare, occorre nascondere l'allawtransparency al validatore. Si può passarlo attraverso javascript, questo un esempio (per soluzioni migliori devi rivolgerti agli esperti di javascript)

<script type="text/javascript">
onload = function()
{
var theframes = document.getElementsByTagName('iframe');
for(var i = 0; i < theframes.length; i++)
{
theframes[i].setAttribute("allowTransparency","true");
}
}
</script>

oppure nasconderlo coi commenti condizionali, di fatto usando due richiami dell'iframe:

<!--[if IE]>
<iframe src="..." width="valore" height="valore" allowtransparency="yes"></iframe>
<![endif]-->


<iframe src="..." width="valore" height="valore"></iframe>


Spero ora sia più chiaro