Ti ringrazio , non pensavo ci fosse replace come in php ... ho risolto.
una cosa ancora e poi dovrei essere a posto, anche se non so se usciro fuori topic spero mi possiate perdonare !

Codice PHP:
<script Language="JavaScript" Type="text/javascript">
        function calcolatotale() {
        var conteggio = document.invio_formconta.conteggiojs.value;
        var i = 1;
            for (i ; i <= conteggio ; i++){
                var b = (document.getElementById("fativa["+i+"]").value);
                var c = (document.getElementById("accr["+i+"]").value);
                var d = (document.getElementById("impnota["+i+"]").value);
                
                c = c.replace ("," , ".");
                b = b.replace ("," , ".");
                d = d.replace ("," , ".");
                
                c = parseFloat(c);
                b = parseFloat(b);
                d = parseFloat(d);
                
                if (c == "" || c == undefined || isNaN(c)){
                    c = 0.00;
                }
                if (d == "" || d == undefined || isNaN(d)){
                    d = 0.00;
                }
                
                if ( (c != "" || c != undefined) && (d != "" || d != undefined) && (b != "" || b != undefined) ){
                    var h = b-(c+d);
                }else if ( (c != "" || c != undefined) && (d == "" || d == undefined) && (b != "" || b != undefined) ){
                    var h = b-(c);
                }else if ( (c == "" || c == undefined) && (d == "" || d == undefined) && (b != "" || b != undefined) ){
                    var h = b-(d);
                }else if ( (c == "" || c == undefined) && (d == "" || d == undefined) && (b != "" || b != undefined) ){
                    var h = b;
                }else if ( (c == "" || c == undefined) && (d == "" || d == undefined) && (b == "" || b == undefined) ){
                    h = String("");
                }
                if (h != "" || h != undefined){
                    document.invio_formconta.residuo.value= parseFloat(h).toFixed(2).replace('.',',');
                }else if (h == undefined || h == "" || isNaN(h)){
                    document.invio_formconta.residuo.value = String("");
                }
            }
    }



//-->
</script> 
io ho n moduli inserimento importi , questi vengono caricati dinamicamente.
var b = (document.getElementById("fativa["+i+"]").value);
var c = (document.getElementById("accr["+i+"]").value);
var d = (document.getElementById("impnota["+i+"]").value);

facendo un debug ho visto che va tutto bene , effettua i calcoli e prende i valori uno alla volta...

ma , l'unica cosa che mi manca e questa :
codice:
if (h != "" || h != undefined){
					document.invio_formconta.residuo.value= parseFloat(h).toFixed(2).replace('.',',');
				}else if (h == undefined || h == "" || isNaN(h)){
					document.invio_formconta.residuo.value = String("");
				}
non riesco a scrivere nella casellina con indice i... sapete spiegarmi il perchè?
io inserisco l'indice sull id ma restituisce un errore sempre con il debug...

grazie ancora, ciao