Più o meno ho risolto nel seguente modo:

Se non è proprio lo script che compila i file di cache tutto passa attraverso questo:
"includes\application.php".

Alla riga 168 circa è presente la stringa: "$data = $document->render( $this->getCfg('caching'), $params);".

Subito dopo questa ho aggiunto: "$data = str_replace("href=\"images/phocagallery", "href=\"".JURI::base()."images/phocagallery", $data);"