Credo di aver trovato che librerie free per fare quello che chiedo non ce ne sono.
Si può solo utilizzare http://www.fpdf.org/ che grazie all'estensione FPDI permette di aprire un pdf esistente e di "incollarci sopra" delle label.

Però non c'è modo di valorizzare i campi del pdf template, almeno con librerie free.

Giusto?