cioè tu vuoi aprire un popup e ricaricare la pagina princiaple in automatico.

Ti basta aggiungere dopo il window.open:

codice:
window.open(...); //Apri il tuo popup
window.location.reload(true); //Ricarica la pagina facendola caricare dal server.
Se invece vuoi ricaricare la pagina principale a partire dal popup (cioè è un evento accaduto nel popup a causare il caricamento della pagina principale) devi fare

codice:
window.opener.location.reload(true); //chiamando window.opener in un popup ottieni la window della pagina che l'ha aperto