Se non descrivi tutti i passaggi dell'azione è un po' difficile sapere dov'è che si inceppa.

In genere un'azione in batch non funzia quando attivi/disattivi in modo inappropriato l'opzione "Ignora comandi Azione Apri/Salva con Nome".
Ma se tu sei certo che i file vengono aperti correttamente ed altrettanto correttamente salvati, posso solo ipotizzare che l'azione non trovi il watermark.
Magari perché quando hai registrato l'azione ce l'avevi negli appunti e quando hai lanciato il batch no.

Ma, ripeto, se non posti tutti i passaggi si possono fare solo ipotesi.

cià
ale