Hai due strade:
-A) La più semplice fai una chiamata server in querystring tuapagina.xxx?reload=stop riscrivendo il metatag (<?if $GET['reload'] = "stop" ?><meta id="refresh" http-equiv="refresh" content="999" /><?chiusura if che non conosco?>)
-B) Riscrivi tramite DOM il metatag e lo appendi nella head (soluzione che richiede buona conoscenza di javascript)