bhe se hai una tabella nel db dove hai tutti i nomi dei file caricati puoi procedere:

1-leggi il contenuto della cartella inserendo in array i nomi dei file
2-leggi il db e verifichi se il nome del file è gia presente oppure no
3-se presente, o lo aggiorni oppure non lo prendi
4-se invece non presente lo prelevi dalla cartella e fai cio che devi...

ciao